До повноважень державних інспекцій з карантину рослин Автономної Республіки Крим, областей, міст Києва і Севастополя належать:
видача фітосанітарних та карантинних сертифікатів на рослини, продукти рослинного походження та інші об'єкти регулювання;
інспектування та проведення фітосанітарної експертизи рослин, продуктів рослинного походження та інших об'єктів регулювання, що переміщуються територією України, через державний кордон України та карантинні зони (у тому числі тих, що надходять у багажі, поштових відправленнях і ручній поклажі пасажирів);
реєстрація осіб, діяльність яких відповідно до статті 27 цього Закону підлягає реєстрації;
організація та контроль за проведенням обробки і фумігації (знезараження) рослин, продуктів рослинного походження та інших об'єктів регулювання, які переміщуються через державний кордон України та карантинні зони;
здійснення державного контролю за проведенням фітосанітарних заходів, що застосовуються до карантинних організмів відповідно до закону та міжнародних договорів України;
організація і проведення систематичних обстежень земель сільськогосподарського призначення і земель лісового фонду, пунктів карантину рослин та прилеглої до них території, місць обігу рослин, продуктів рослинного походження та інших об'єктів регулювання;
здійснення державного контролю за діяльністю розсадників, державних сортодільниць, оранжерей і теплиць, діяльність яких пов'язана з обігом рослин, насіння і садивного матеріалу;
здійснення державного контролю за виробництвом та обігом рослин, продуктів рослинного походження та інших об'єктів регулювання;
вжиття відповідно до законодавства термінових заходів для локалізації та ліквідації карантинних організмів, запобігання їх поширенню;
здійснення термінових заходів для локалізації та/або ліквідації карантинних організмів;
поширення інформації у сфері карантину рослин серед осіб;
поширення інформації та за необхідності запровадження навчання виробників рослин, продуктів рослинного походження та інших об'єктів регулювання стосовно ідентифікації відповідних карантинних організмів;
внесення подань до відповідних державних адміністрацій про запровадження та скасування карантинного режиму.