До повноважень Головної державної інспекції з карантину рослин України належать:
визначення відповідно до закону порядку ввезення, вивезення та використання рослин і рослинних продуктів, у тому числі за погодженням з карантинними службами інших держав відповідно до міжнародних договорів України;
вивчення видового складу, біології та екології регульованих шкідливих організмів, розробка прогнозу їх поширення з метою запобігання занесенню та/або поширенню;
розробка проектів нормативно-правових актів у сфері карантину рослин;
ведення баз даних та інформування громадськості та заінтересованих партнерів про виявлення, наявність, поширення, локалізацію та за необхідності ліквідацію регульованих шкідливих організмів;
проведення інспектування та фітосанітарної експертизи об'єктів регулювання;
здійснення державного контролю за виконанням фітосанітарних заходів;
видача відповідно до закону карантинних дозволів;
здійснення координації моніторингу, виявлення та ідентифікації регульованих шкідливих організмів в Україні;
підготовка переліку регульованих шкідливих організмів;
підготовка переліку об'єктів регулювання;
здійснення контролю за використанням біологічних контрольних організмів;
внесення подання до Кабінету Міністрів України про запровадження або скасування карантинного режиму;
проведення науково-дослідних робіт у сфері карантину рослин;
контроль за проведенням фумігації (знезараження) особами об'єктів регулювання, які переміщуються через державний кордон України та/або кордони карантинних зон;
призначення і звільнення з посад керівників державних інспекцій з карантину рослин (їх заступників) Автономної Республіки Крим, областей, міст Києва і Севастополя;
представництво України у міжнародних організаціях відповідно до встановленого законом порядку;
проведення спеціальних досліджень спільно з національними організаціями з карантину та захисту рослин інших країн щодо оцінки відповідності (невідповідності) об'єктів регулювання фітосанітарним правилам;
надання повідомлень заінтересованим партнерам про фітосанітарні заборони чи обмеження;
встановлення спеціально визначеного відсотка вантажів, які підлягають вибірковому фітосанітарному прикордонному контролю;
ведення загальнодержавного реєстру осіб, діяльність яких відповідно до статті 27 цього Закону підлягає реєстрації;
надання відповідей на запити стосовно фітосанітарних заходів.
Проведення фумігації (знезараження) об'єктів регулювання, які переміщуються через державний кордон України та карантинні зони, підлягає ліцензуванню відповідно до закону.
Державна служба з карантину рослин України для виконання своїх повноважень взаємодіє із центральними органами виконавчої влади, Радою міністрів Автономної Республіки Крим та місцевими державними адміністраціями.