До повноважень центрального органу виконавчої влади з питань аграрної політики належать:
видання наказів з управління у сфері карантину рослин;
здійснення державної політики у сфері карантину рослин;
призначення і звільнення з посади керівника та заступників керівника Головної державної інспекції з карантину рослин України;
затвердження переліку регульованих шкідливих організмів;
затвердження організаційної структури і штатної чисельності Державної служби з карантину рослин України;
здійснення інших повноважень у сфері карантину рослин відповідно до закону.