Головна державна інспекція з карантину рослин України на основі даних щодо виявлення карантинних організмів у вантажах з об'єктами регулювання будь-якого походження, що імпортуються, а також на основі інших факторів, що можуть впливати на життя та здоров'я рослин, встановлює спеціально визначений відсоток вантажів, які підлягають обов'язковому розширеному фітосанітарному контролю.
Обов'язковий розширений фітосанітарний прикордонний контроль на кордоні застосовується відповідно до порядку про вибірковий фітосанітарний контроль, що затверджується Головною державною інспекцією з карантину рослин України до початку нового календарного року на наступний рік.
Порядком про вибірковий фітосанітарний контроль встановлюються спеціально визначені відсотки вантажів з об'єктами регулювання за категоріями:
живі рослини будь-якого походження;
продукти рослинного походження;
інші об'єкти регулювання будь-якого походження.