Державна система моніторингу довкілля та її підсистеми функціонують у режимі:
а) повсякденного функціонування;
б) підвищеної готовності;
в) реагування на надзвичайні екологічні ситуації;
г) відстеження у відновлювальний (реабілітаційний) період.
Режим функціонування державної системи моніторингу довкілля та її підсистем встановлюється центральним органом виконавчої влади, що реалізує державну політику у сфері охорони навколишнього природного середовища.
Порядок функціонування державної системи моніторингу довкілля та її підсистем визначає перелік заходів, завдання та порядок взаємодії органів, що здійснюють моніторинг довкілля, під час функціонування зазначеної системи та її підсистем у відповідному режимі.
У режимах підвищеної готовності або реагування на надзвичайні екологічні ситуації, а також у частині даних та інформації державної системи моніторингу довкілля та її підсистем, що використовуються для запобігання виникненню надзвичайних ситуацій, завчасного реагування на загрозу виникнення надзвичайної ситуації, моніторингу надзвичайних ситуацій або інформування у сфері цивільного захисту, у встановленому Кабінетом Міністрів України порядку забезпечується технологічна сумісність та здійснюється інформаційна взаємодія загальнодержавної екологічної автоматизованої інформаційно-аналітичної системи забезпечення прийняття управлінських рішень та доступу до екологічної інформації та її мережі із системою моніторингу і прогнозування надзвичайних ситуацій в Україні.