До компетенції спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань аграрної політики у сфері діяльності, пов'язаної з пестицидами і агрохімікатами, належить:
визначення потреби (обсягів та асортименту) у пестицидах і агрохімікатах, координація їх виробництва для внутрішнього ринку;
погодження переліків пестицидів і агрохімікатів, дозволених до використання в Україні;
здійснення державного контролю за вмістом залишкових кількостей пестицидів, агрохімікатів та важких металів у поверхневих водах, призначених для сільськогосподарських потреб, ґрунті на землях сільськогосподарського призначення, кормах, а також у сільськогосподарській продукції та сировині.
До компетенції спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади з питань аграрної політики можуть належати й інші види діяльності, пов'язаної з пестицидами і агрохімікатами, відповідно до закону.