Органами управління Гарантійного фонду є загальні збори учасників Гарантійного фонду, Адміністративна рада Гарантійного фонду та Дирекція Гарантійного фонду (далі - Дирекція).
Вищим органом Гарантійного фонду є загальні збори учасників Гарантійного фонду. У період між проведенням загальних зборів учасників Гарантійного фонду вищим органом управління Гарантійного фонду є Адміністративна рада Гарантійного фонду.
Адміністративна рада координує роботу Гарантійного фонду щодо захисту інтересів поклажодавців та володільців складських документів на зерно, власників зернових складів - учасників (тимчасових учасників) Гарантійного фонду, здійснює контроль і нагляд за діяльністю Гарантійного фонду, приймає рішення в межах своїх повноважень і несе відповідальність за виконання покладених на Гарантійний фонд завдань та здійснення ним своїх функцій.
Управління поточною діяльністю Гарантійного фонду здійснює Дирекція.
Контроль за діяльністю Гарантійного фонду здійснює Ревізійна комісія.