Обробка та захист інформації, отриманої під час реєстрації громадян у системі електронної черги, здійснюються відповідно до вимог Законів України «Про захист персональних даних», «Про захист інформації в інформаційно-комунікаційних системах» та інших нормативно-правових актів у сфері захисту інформації.
Володільцем персональних даних, які обробляються у системі електронної черги є Міноборони.
Внесена до системи керування чергою інформація зберігається протягом двох років з дня її внесення, після чого автоматично знищується.