Національне агентство припиняється в результаті реорганізації (шляхом злиття, приєднання, поділу, перетворення) або ліквідації відповідно до законодавства. Припинення Національного агентства здійснюється в порядку, передбаченому законодавством.
У разі припинення Національного агентства в результаті його ліквідації, злиття, поділу, приєднання або перетворення активи Національного агентства повинні бути зараховані до доходу державного бюджету.
Національне агентство вважається припиненим з дня внесення запису про припинення його діяльності до Єдиного державного реєстру юридичних осіб, фізичних осіб — підприємців та громадських формувань.