Фінансування діяльності Національного агентства здійснюється за рахунок коштів державного бюджету, коштів, отриманих як оплата робіт з акредитації та проведення ліцензійної експертизи, а також коштів, отриманих за надання інших послуг, пов’язаних із забезпеченням якості вищої освіти, у розмірах, визначених законодавством, грантів, наданих з метою підвищення якості вищої освіти в Україні, у тому числі тих, що надані для удосконалення системи оцінювання якості вищої освіти, інших джерел, не заборонених законодавством.
Майно Національного агентства є державною власністю і належить йому на праві оперативного управління.
Майно не може бути відчужене, вилучене, передане до статутного капіталу господарських організацій. Щодо такого майна не можуть вчинятися дії, наслідком яких може бути його відчуження.
Майно та кошти використовуються відповідно до статутних цілей і завдань в установленому законодавством порядку.
Національне агентство відповідно до законодавства та цього Статуту користується основними фондами, закріпленими за ним на праві оперативного управління без права зміни форми власності, а також обіговими коштами та земельними ділянками, що надаються йому в постійне користування або в оренду відповідно до земельного законодавства.
Облік і звітність Національного агентства