Фінансування діяльності Національного агентства здійснюється за рахунок коштів державного бюджету, коштів, отриманих як оплата робіт з акредитації та проведення ліцензійної експертизи, а також коштів, отриманих за надання інших послуг, пов’язаних із забезпеченням якості вищої освіти, у розмірах, визначених законодавством, грантів, наданих з метою підвищення якості вищої освіти в Україні, у тому числі наданих для вдосконалення системи оцінювання якості вищої освіти, інших джерел, не заборонених законодавством.
Керівник секретаріату Національного агентства:
від імені Національного агентства укладає договори, вчиняє інші правочини, представляє інтереси в цивільно-правових відносинах, у суді та інших органах державної влади, установах, організаціях;
здійснює заходи щодо державної реєстрації Національного агентства відповідно до Закону України “Про державну реєстрацію юридичних осіб, фізичних осіб - підприємців та громадських формувань”;
скликає засідання Національного агентства за вмотивованою вимогою не менш як однієї третини його складу за умови нескликання засідання Головою та заступниками Національного агентства відповідно до вимог, передбачених цим Статутом;
організовує та контролює виконання секретаріатом Національного агентства Конституції та законів України, актів Президента України, Кабінету Міністрів України, інших актів законодавства;
приймає на роботу і звільняє з роботи в порядку, передбаченому законодавством про працю, працівників секретаріату Національного агентства, приймає рішення щодо їх заохочення, притягнення до дисциплінарної відповідальності;
видає обов’язкові для виконання працівниками секретаріату Національного агентства накази та доручення з питань, що належать до його компетенції;
здійснює інші функції, пов’язані із забезпеченням діяльності секретаріату Національного агентства.