Секретаріат Національного агентства очолює керівник.
Керівник секретаріату Національного агентства призначається на посаду Кабінетом Міністрів України за поданням Міністра освіти і науки строком на п’ять років з правом повторного призначення. Відбір кандидатури на посаду керівника секретаріату Національного агентства здійснюється за результатами конкурсу, що проводиться Національним агентством. Керівник секретаріату Національного агентства може бути звільнений з посади достроково за зверненням Національного агентства.
Перший керівник секретаріату Національного агентства призначається на посаду Кабінетом Міністрів України за поданням Міністра освіти і науки строком на один рік.
Керівник секретаріату Національного агентства підзвітний і підконтрольний Національному агентству.
Керівник секретаріату Національного агентства має заступників, які призначаються на посаду та звільняються з посади керівником секретаріату за погодженням із Національним агентством.