Організаційне, фінансово-господарське, матеріально-технічне, інформаційно-довідкове та інше забезпечення діяльності Національного агентства здійснює секретаріат Національного агентства.
Положення про секретаріат, його структура і штатний розпис затверджуються Національним агентством.