Управління діяльністю Національного агентства здійснюють його Голова та заступники Голови в межах повноважень, визначених цим Статутом. Голова та заступники Голови Національного агентства обираються строком на три роки. Голова та заступники Голови Національного агентства призначаються на посаду і звільняються з посади Кабінетом Міністрів України за поданням Національного агентства та працюють на постійній основі.
Голова Національного агентства:
організовує підготовку плану роботи Національного агентства;
головує на засіданнях Національного агентства;
підписує акти, прийняті Національним агентством, та протоколи засідань Національного агентства;
організовує виконання рішень Національного агентства та інформує членів Національного агентства про хід їх виконання;
організовує підготовку звіту про роботу Національного агентства;
за вмотивованою вимогою не менш як однієї третини складу Національного агентства скликає засідання Національного агентства;
діє без довіреності від імені Національного агентства в межах повноважень, передбачених законодавством та цим Статутом;
скликає і проводить засідання Національного агентства, вносить питання для розгляду на його засіданнях, формує проект порядку денного засідання Національного агентства та не пізніше ніж за один день до проведення засідання інформує про його проведення усіх членів Національного агентства;
представляє Національне агентство у відносинах з іншими органами, підприємствами, установами та організаціями в Україні та за її межами, зокрема з державними органами іноземних держав з питань забезпечення якості вищої освіти та міжнародними організаціями;
вносить на засідання Національного агентства пропозиції щодо розподілу обов’язків між своїми заступниками;
виконує інші функції із забезпечення організації діяльності Національного агентства.