Голова Національного агентства:
1) організовує підготовку плану роботи Національного агентства;
2) головує на засіданнях Національного агентства;
3) підписує рішення, прийняті Національним агентством, документи, затверджені такими рішеннями, сертифікати про акредитацію освітніх програм і протоколи засідань Національного агентства;
4) організовує виконання рішень Національного агентства та інформує членів Національного агентства про хід їх виконання;
5) організовує підготовку звіту про роботу Національного агентства;
6) за вмотивованою вимогою не менш як однієї третини складу Національного агентства скликає засідання Національного агентства;
7) діє без довіреності від імені Національного агентства в межах повноважень, передбачених законодавством та цим Статутом;
8) скликає і проводить засідання Національного агентства, вносить питання для розгляду на його засіданнях, формує проект порядку денного засідання та не пізніше ніж за один день до проведення засідання інформує про його проведення всіх членів Національного агентства;
9) представляє Національне агентство у відносинах із органами державної влади, органами місцевого самоврядування, юридичними особами в Україні та за її межами, зокрема із державними органами іноземних держав з питань щодо забезпечення якості вищої освіти та міжнародними організаціями, а також представляє інтереси Національного агентства в судах України;
10) розподіляє обов’язки між своїми заступниками;
11) приймає рішення про відрядження, зокрема за кордон, Голови, заступників Голови та керівника секретаріату Національного агентства без погодження із Кабінетом Міністрів України, МОН та іншими центральними органами виконавчої влади;
12) виконує інші функції із забезпечення організації діяльності Національного агентства.