У складі Національного агентства утворюються Комітет з питань етики, Апеляційний комітет, Комітет з питань акредитації освітніх програм та акредитації і співпраці з незалежними установами оцінювання та забезпечення якості вищої освіти, Комітет з питань оцінювання якості вищої освіти, формування рейтингів та визначення інституційного статусу вищих навчальних закладів, Комітет з питань акредитації спеціалізованих вчених рад та атестації вчених, інші комітети, що формуються з числа членів Національного агентства.