Національне агентство, до складу якого входить 25 членів, формується на таких засадах:
два члени делегуються Національною академією наук та по одному - національними галузевими академіями наук;
13 членів обираються з’їздами з числа представників вищих навчальних закладів державної, комунальної та приватної форми власності, у тому числі дев’ять членів - від державних вищих навчальних закладів, один член - від комунальних вищих навчальних закладів, три члени - від приватних вищих навчальних закладів;
три члени обираються спільним представницьким органом всеукраїнських об’єднань організацій роботодавців;
два члени обираються з’їздом представників органів студентського самоврядування вищих навчальних закладів з числа осіб, які здобувають вищу освіту.
Перший склад Національного агентства формується відповідно до підпункту 14 пункту 2 розділу XV “Прикінцеві та перехідні положення” Закону України “Про вищу освіту” та абзацу четвертого пункту 2 розділу II “Прикінцеві положення” Закону України “Про внесення змін до Закону України “Про вищу освіту” щодо Національного агентства із забезпечення якості вищої освіти”.
Склад Національного агентства затверджується Кабінетом Міністрів України.