Колегія розглядає такі проблемні питання:
організація діяльності державної санітарно-епідеміологічної служби України;
забезпечення санітарного та епідемічного благополуччя населення;
проведення державної санітарно-епідеміологічної експертизи;
санітарна охорона території України від занесення та поширення на території України особливо небезпечних інфекційних хвороб, ввезення на територію України товарів, хімічних, біологічних і радіоактивних речовин, відходів та інших вантажів, небезпечних для життя та здоров'я людини;
виконання органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, юридичними та фізичними особами вимог санітарного законодавства;
визначення основних напрямів і координації проведення заходів, пов'язаних з міжнародним співробітництвом з питань забезпечення санітарного та епідемічного благополуччя населення;
впровадження в практику досягнень науки та передового досвіду;
підготовка та підвищення кваліфікації спеціалістів державної санітарно-епідеміологічної служби;
матеріально-технічне та фінансове забезпечення державної санітарно-епідеміологічної служби, інші питання, які належать до компетенції цієї служби.