До складу колегії входять головний державний санітарний лікар України - голова колегії, перший заступник головного державного санітарного лікаря України - заступник голови колегії, заступники головного державного санітарного лікаря України за посадою, керівники органів, установ і закладів державної санітарно-епідеміологічної служби.
Склад колегії затверджується Кабінетом Міністрів України за поданням головного державного санітарного лікаря України.