Для забезпечення діяльності Уповноваженого утворюється секретаріат, який є юридичною особою, має свій рахунок у банку та печатку встановленого зразка.
Структура секретаріату, розподіл обов'язків та інші питання щодо організації його роботи регулюються Положенням про секретаріат Уповноваженого Верховної Ради України з прав людини (далі - Положення). На працівників секретаріату поширюється дія Закону України "Про державну службу". Положення та кошторис секретаріату затверджуються Уповноваженим у межах кошторису витрат, пов'язаних із діяльністю Уповноваженого. Призначення на посаду та звільнення працівників секретаріату здійснюються Уповноваженим.
При Уповноваженому з метою надання консультаційної підтримки, проведення наукових досліджень, а також вивчення пропозицій щодо поліпшення стану захисту прав і свобод людини і громадянина може створюватися консультативна рада (яка може діяти і на громадських засадах) із осіб, що мають досвід роботи в галузі захисту прав і свобод людини і громадянина.