Витрати, пов'язані з діяльністю Комісії та її секретаріату, фінансуються за рахунок коштів державного бюджету. Обсяг цих коштів за поданням Голови Комісії передбачається у проекті закону про Державний бюджет України окремим рядком.
Комісія має рахунки в установах банків та інших кредитних установах.
Комісія подає щорічний звіт про використання кошторису витрат до Рахункової палати.