Комісія формує кошторис, розподіляє кошти, що виділяються з Державного бюджету України на фінансове забезпечення підготовки та проведення виборів і всеукраїнського референдуму, діяльності окружних, дільничних виборчих комісій, комісій з всеукраїнського референдуму, контролює правильне та цільове використання зазначених коштів, залучає до проведення перевірок працівників Міністерства фінансів України та органів державної податкової служби України.
Порядок обліку надходження та витрат бюджетних коштів, що виділяються на підготовку та проведення виборів і всеукраїнських референдумів, коштів виборчих фондів кандидатів та виборчих фондів партій, виборчих блоків партій визначається Комісією відповідно до законодавства.
Комісія встановлює форми фінансового звіту виборчих комісій та комісій з всеукраїнського референдуму про надходження та витрати коштів, що виділяються на підготовку і проведення відповідно виборів або всеукраїнського референдуму, та фінансового звіту кандидатів, партій, виборчих блоків партій.
Комісія подає фінансовий звіт про витрату коштів Державного бюджету України, виділених на підготовку та проведення відповідно виборів Президента України, народних депутатів України, всеукраїнського референдуму, до Рахункової палати не пізніш як через три місяці з дня офіційного опублікування загальних результатів виборів або всеукраїнського референдуму.