Керівництво Центром здійснює директор, який призначається на посаду за результатами конкурсу на умовах строкового трудового договору (контракту), тривалість якого не може перевищувати п’ять років, та звільняється з посади Головою Комісії.
Директор Центру під час здійснення своїх повноважень відповідальний перед Головою Комісії, підзвітний та підконтрольний Комісії.
Директор Центру має заступників (заступника), які призначаються на посаду на умовах строкового трудового договору (контракту) та звільняються з посади директором Центру за погодженням з Головою Комісії.