Регулювання діяльності спеціально уповноважених органів виконавчої влади, що проводять контроль транзитних вантажів, здійснює Кабінет Міністрів України, який визначає заходи щодо вдосконалення цього контролю відповідно до міжнародних стандартів та сприяння нарощуванню обсягів транзитних вантажів.
Координацію діяльності учасників транзиту здійснює Міністерство транспорту України. Основними завданнями координації є:
забезпечення взаємодії учасників транзиту з метою безперебійності транзиту вантажів та усунення простоїв і затримок транспортних засобів транзиту;
забезпечення високої якості транзитних послуг (робіт);
розробка та реалізація заходів, спрямованих на приведення національних транзитних послуг (робіт) у відповідність з міжнародними стандартами.