Угоди про транскордонне співробітництво можуть передбачати утворення органів транскордонного співробітництва.
Статус, функції, повноваження та джерела фінансування органів транскордонного співробітництва визначаються міжнародними договорами України про транскордонне співробітництво, угодами про транскордонне співробітництво, законодавством держав, на території яких вони розміщені, статутами цих органів.
У разі коли угодою про транскордонне співробітництво передбачається розміщення органів транскордонного співробітництва на території України, вони можуть утворюватися як юридичні особи. В окремих випадках їхні функції можуть покладатися на відповідні виконавчі органи місцевого самоврядування та структурні підрозділи місцевих органів виконавчої влади.
Орган транскордонного співробітництва виконує завдання, покладені на нього територіальними громадами, їх представницькими органами, місцевими органами виконавчої влади, відповідно до його повноважень та у порядку, передбаченому законодавством України.