Загальну координацію транскордонного співробітництва та контроль за додержанням законодавства з питань транскордонного співробітництва здійснює центральний орган виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізує державну регіональну політику, за участю Міністерства закордонних справ України відповідно до повноважень, визначених законодавством та міжнародними договорами України.
Інші центральні органи виконавчої влади беруть участь у координації та розвитку транскордонного співробітництва відповідно до їх компетенції.