Основними принципами державної підтримки розвитку транскордонного співробітництва є:
об'єктивність, відкритість та економічна обґрунтованість відбору проектів (програм) транскордонного співробітництва для надання державної підтримки;
концентрація фінансових ресурсів на пріоритетних та найбільш обґрунтованих проектах (програмах) з метою досягнення максимального ефекту їх реалізації;
забезпечення умов для використання організаційних, фінансових, інституційних можливостей суб'єктів і учасників транскордонного співробітництва України у розробленні та здійсненні заходів щодо реалізації проектів (програм) транскордонного співробітництва;
недопущення використання цільової державної підтримки для фінансування поточних потреб соціально-економічного розвитку регіонів.
Державна підтримка розвитку транскордонного співробітництва передбачає:
визначення пріоритетних напрямів державної підтримки розвитку транскордонного співробітництва;
відбір проектів (програм) транскордонного співробітництва, які потребують державної підтримки;
розроблення та виконання державних програм розвитку транскордонного співробітництва;
надання правової, організаційної, методичної, інформаційної допомоги та підтримки суб'єктам і учасникам транскордонного співробітництва України.