Голова військового суду регіону, Військово-Морських Сил:
1) головує в судових засіданнях;
2) призначає суддів як головуючих у судових засіданнях, утворює склад суду для розгляду справ;
3) вирішує питання про відвід судді, який одноособово розглядає справу, а також про відвід голови військового суду гарнізону, який одноособово розглядає справу;
4) приносить у межах і порядку, встановлених законом, протести на рішення, вироки, ухвали і постанови по судових справах;
5) здійснює керівництво роботою суду;
6) організує роботу по вивченню і узагальненню судової практики, діловодству, веденню і аналізу судової статистики, вносить подання у державні органи, громадські організації і службовим особам про усунення порушень закону, умов, що сприяли вчиненню правопорушень;
7) веде особистий прийом, організує роботу суддів по прийому громадян, розгляду пропозицій, заяв і скарг;
8) призначає і звільняє з посад робітників і службовців суду;
9) організує роботу по підвищенню кваліфікації суддів, працівників апарату суду і народних засідателів;
10) інформує відповідне військове командування з питань діяльності суду;
11) здійснює інші повноваження, надані йому законодавством.
Голова військового суду регіону, Військово-Морських Сил у межах своєї компетенції видає накази з питань організації роботи суду.