Фінансування стимулювання розвитку регіонів та подолання депресивності територій здійснюється за рахунок коштів, передбачених на цю мету в законах України про Державний бюджет України та рішеннях про місцеві бюджети (Автономної Республіки Крим, обласні, міські міст обласного (республіканського - Автономної Республіки Крим) значення та районні бюджети) на відповідні роки, та інших джерел відповідно до законодавства.
Обсяги фінансування реалізації угод щодо регіонального розвитку та виконання програм подолання стану депресивності територій щорічно передбачаються у проектах Державного бюджету України та рішеннях про місцеві бюджети відповідними бюджетними програмами.
Фінансове забезпечення реалізації угод щодо регіонального розвитку та виконання програм подолання стану депресивності територій за необхідності щорічно уточнюється після набрання чинності Законом України про Державний бюджет України на відповідний рік та затвердження відповідних місцевих бюджетів.
Головними розпорядниками коштів Державного бюджету України, що виділяються для стимулювання розвитку регіонів та подолання депресивності територій, є центральний орган виконавчої влади з питань економічної влади, що забезпечує формування державної регіональної політики, інші центральні органи виконавчої влади.
( Дію {Дію частини п'ятої статті 12 зупинено на 2006 рік згідно із Законом N № 3235-IV ( 3235-15 ) від 20.12.2005 ) } Сума коштів, що передбачається на фінансування всіх програм подолання депресивності територій протягом одного року з державного бюджету, не може бути меншою, ніж 0,2 відсотка доходної частини державного бюджету за відповідний період.
Під час визначення обсягів коштів, призначених для стимулювання розвитку регіонів та подолання депресивності територій, не враховуються суми дотацій вирівнювання та субвенцій, що спрямовуються на виконання органами місцевого самоврядування власних та наданих законом повноважень органів виконавчої влади, а також кошти, що спрямовуються згідно із законодавством на ліквідацію наслідків надзвичайних екологічних ситуацій, техногенних катастроф та стихійного лиха.