СЗІ взаємодіє та узгоджує свою діяльність із:
- структурним підрозділом Генеральної прокуратури України, відповідальним за забезпечення технічного захисту інформації в Генеральної прокуратури України;
- зовнішніми організаціями, які є користувачами, постачальниками, виконавцями робіт за напрямом функціонування ЦСК;
- іншими суб'єктами діяльності у сфері захисту інформації;
- персоналом ЦСК, що безпосередньо не пов'язаний із захистом інформації.