СЗІ створюється наказом Генеральної прокуратури України з метою організаційного забезпечення завдань керування комплексною системою захисту інформації (далі - КСЗІ) в ЦСК та здійснення контролю за її функціонуванням. СЗІ є підрозділом ЦСК, підпорядкованим її керівнику.