Основними функціями СЗІ під час експлуатації комплексної системи захисту інформації є:
- організація процесу управління КСЗІ;
- розслідування випадків порушення політики безпеки, небезпечних та непередбачених подій, здійснення аналізу причин, що призвели до них, супроводження бази даних таких подій;
- вжиття заходів у разі виявлення спроб несанкціонованого доступу до ресурсів ІТС, порушення правил експлуатації засобів захисту інформації або у разі наявності інших дестабілізуючих факторів;
- забезпечення контролю цілісності засобів захисту інформації та швидке реагування на їх вихід з ладу або порушення режимів функціонування;
- організація управління доступом до ресурсів ІТС (розподіл між користувачами необхідних реквізитів захисту інформації: паролів, привілеїв, ключів тощо);
- супроводження та актуалізація бази даних захисту інформації (матриць доступу, класифікаційних міток об'єктів, ідентифікаторів користувачів тощо);
- спостереження (реєстрація та аудит подій в ІТС, моніторинг подій тощо) за функціонуванням КСЗІ та її компонентів;
- підготовка пропозицій щодо удосконалення порядку забезпечення захисту інформації в ІТС, впровадження нових технологій захисту і модернізації КСЗІ;
- організація та проведення заходів з модернізації, тестування, оперативного відновлення функціонування КСЗІ після збоїв, відмов, аварій в ІТС або КСЗІ;
- участь у роботах з модернізації ІТС, узгодження пропозицій щодо введення до її складу нових компонентів, нових функціональних завдань і режимів обробки інформації, заміни засобів обробки інформації тощо;
- забезпечення супроводження і актуалізації еталонних, архівних та резервних копій програмних компонентів КСЗІ, забезпечення їх зберігання і тестування;
- проведення аналітичного оцінювання поточного стану безпеки інформації в ІТС (прогнозування виникнення нових загроз і їх врахування в моделі загроз, визначення необхідності її коригування, аналіз відповідності технології обробки інформації і реалізованої політики безпеки у поточній моделі загроз тощо);
- інформування користувачів ІТС про технічні можливості системи захисту інформації в ІТС і типові правила, встановлені для його персоналу;
- негайне втручання в процес роботи ІТС у разі виявлення атаки на КСЗІ, проведення у таких випадках робіт з виявлення порушника;
- подання звітів керівництву Офісу Генерального прокурора про стан виконання користувачами ІТС вимог щодо захисту інформації;
- аналіз відомостей про технічні засоби захисту інформації нового покоління, обґрунтування пропозицій щодо придбання таких засобів;
- контроль за виконанням персоналом і користувачами ІТС вимог, норм, правил, інструкцій із захисту інформації відповідно до визначеної політики безпеки інформації;
- контроль за забезпеченням охорони і порядку зберігання документів (носіїв інформації), які містять відомості, що підлягають захисту;
- розроблення та реалізація комплексних заходів з безпеки інформації під час проведення нарад, переговорів тощо, здійснення їх технічного та інформаційного забезпечення.