Фонд відповідно до покладених на нього завдань:
виступає в установленому законодавством порядку замовником під час закупівлі товарів (робіт, послуг) за рахунок коштів державного бюджету;
здійснює стимулювання і фінансування природоохоронних заходів за рахунок коштів Державного фонду охорони навколишнього природного середовища у складі державного бюджету та інших коштів, визначених у державному бюджеті на відповідні цілі, на безповоротній основі, на умовах повернення (як пільгових коротко- і довгострокових позичок) та на умовах здешевлення кредитів комерційних банків (як відшкодування відсотків за кредитами комерційних банків);
організовує конкурси (тендери) з метою відбору проектів та програм здійснення природоохоронних заходів, які фінансуються за рахунок коштів Державного фонду охорони навколишнього природного середовища у складі державного бюджету та інших коштів, визначених у державному бюджеті на відповідні цілі;
здійснює співробітництво з українськими, іноземними і міжнародними організаціями, підприємствами, установами з метою залучення додаткових коштів для фінансування природоохоронних заходів;
готує пропозиції щодо удосконалення нормативно-правової бази з питань, що належать до його компетенції, і подає їх на розгляд Міністру охорони навколишнього природного середовища;
сприяє в межах своєї компетенції обов'язковому страхуванню відповідальності експортера та особи, яка відповідає за утилізацію (видалення) небезпечних відходів, щодо відшкодування шкоди, яку може бути заподіяно здоров'ю людини, власності та навколишньому природному середовищу під час транскордонного перевезення та утилізації (видалення) небезпечних відходів, а також створенню умов для додаткового забезпечення страхових зобов'язань щодо відшкодування шкоди, заподіяної аваріями екологічного характеру;
створює інформаційно-аналітичну систему для забезпечення ефективного здійснення своїх повноважень;
інформує громадськість про свою діяльність;
організовує професійну підготовку та підвищення кваліфікації працівників Фонду;
сприяє поширенню інформації про стан навколишнього природного середовища (екологічної інформації);
виконує інші функції відповідно до покладених на нього завдань.