Основними завданнями Фонду є:
стимулювання і фінансування в установленому порядку природоохоронних заходів за рахунок коштів Державного фонду охорони навколишнього природного середовища у складі державного бюджету та інших коштів, визначених у державному бюджеті на відповідні цілі;
сприяння залученню додаткових коштів на фінансування природоохоронних заходів;
сприяння впровадженню в Україні економічного механізму забезпечення охорони навколишнього природного середовища.