До складу правління Фонду входять голова правління та чотири його заступники, в тому числі один перший.
Голова правління призначається на посаду і звільняється з посади Кабінетом Міністрів України за поданням Мінприроди.
Заступники голови правління призначаються на посаду і звільняються з посади Міністром охорони навколишнього природного середовища за поданням голови правління Фонду.
Голова правління та його заступники беруть участь у засіданнях наглядової ради з правом дорадчого голосу.