Наглядова рада:
здійснює контроль за діяльністю Фонду та виконанням його завдань, ефективністю та порядком використання бюджетних коштів;
за погодженням з Мінприроди визначає пріоритетність фінансування природоохоронних заходів;
затверджує за погодженням з Мінприроди критерії оцінки та відбору запитів юридичних осіб усіх форм власності, які планують здійснити та здійснюють природоохоронні заходи за рахунок коштів Державного фонду охорони навколишнього природного середовища у складі державного бюджету та інших коштів, визначених у державному бюджеті на відповідні цілі;
затверджує стратегію та основні напрями діяльності Фонду, здійснює контроль за їх дотриманням;
схвалює найважливіші інноваційні, інвестиційні та виробничі програми і заходи, що реалізуються Фондом, за критеріями, визначеними Мінприроди.