Голова та члени наглядової ради здійснюють свої повноваження на громадських засадах.
Персональний склад наглядової ради затверджує Кабінет Міністрів України за поданням Мінприроди.
До складу наглядової ради входять представники Мінприроди, Мінфіну, Мінекономіки, інших центральних органів виконавчої влади, Секретаріату Кабінету Міністрів України, а також можуть входити (за згодою) представники інших державних органів, народні депутати України та представники підприємств, установ і організацій, у тому числі громадських, діяльність яких пов'язана з охороною навколишнього природного середовища.
Голова наглядової ради обирається щороку на засіданні ради. Секретарем наглядової ради є член правління Фонду, який призначається головою наглядової ради за поданням голови правління Фонду.