Виконавчим органом, який здійснює оперативне керівництво поточною діяльністю Біржі, є дирекція. До компетенції дирекції належать всі питання діяльності Біржі, крім тих, що віднесені до компетенції інших органів Біржі. До складу дирекції входить директор та два його заступники, які призначаються на посаду та звільняються з посади Аграрним фондом.
Порядок роботи та прийняття рішень дирекцією Біржі визначаються цим Статутом і положенням про дирекцію, яке затверджується наглядовою радою Біржі.
{ Пункт 50 в редакції Постанови КМ N 196 ( 196-2010-п ) від 24.02.2010 }