Головним державним інспектором з карантину рослин України є керівник Головної державної інспекції з карантину рослин України, який призначається і звільняється з посади Міністерством сільського господарства і продовольства України.
Головним державним інспектором з карантину рослин Республіки Крим, області і міста є керівник відповідного органу з карантину рослин, який призначається і звільняється з посади Головним державним інспектором з карантину рослин України.