До відання прикордонної державної інспекції з карантину рослин Республіки Крим, прикордонних державних або державних обласних і державних міських інспекцій з карантину рослин належить:
видача сертифікатів на насіння, рослини і продукцію рослинного походження, що експортуються, а також, що вивозяться із зон особливого карантинного режиму;
проведення карантинної перевірки і лабораторної експертизи завезених із-за кордону підкарантинних матеріалів та об'єктів (у тому числі тих, що надходять у багажі, поштових відправленнях і ручній поклажі пасажирів);
організація оздоровлення і знезараження підкарантинних матеріалів та об'єктів, транспортних засобів, що прибувають із-за кордону;
державний контроль за проведенням карантинних заходів підприємствами, установами, організаціями та громадянами;
організація систематичних і проведення контрольних обстежень сільськогосподарських і лісових угідь, місць зберігання і перероблення насіння, рослин і продукції рослинного походження, пунктів ввезення підкарантинних матеріалів та об'єктів, прилеглої до них території;
контроль за діяльністю інтродукційно-карантинних розсадників, державних сортодільниць, оранжерей і теплиць, що проводять карантинну перевірку насіння, рослин і садового матеріалу, завезених із-за кордону;
здійснення державного контролю за виробництвом, заготівлею, транспортуванням, зберіганням, переробленням, використанням, реалізацією насіння, рослин і продукції рослинного походження, що експортуються або імпортуються;
вжиття відповідно до законодавства термінових заходів для локалізації та ліквідації карантинних об'єктів, запобігання їх поширенню;
контроль за проведенням карантинних заходів відповідно до міжнародних угод і конвенцій;
пропаганда знань з карантину рослин;
внесення до відповідних органів подання про запровадження (зняття) особливого карантинного режиму;
залучення для участі у своїй роботі громадських уповноважених з карантину рослин із числа працівників заготівельних, транспортних, переробних та інших підприємств, установ і організацій.