До відання Головної державної інспекції з карантину рослин України належить:
керівництво роботою Центральної науково-дослідної карантинної лабораторії та Центрального фумігаційного загону, прикордонної державної інспекції з карантину рослин Республіки Крим, прикордонних державних обласних, державних обласних і державних міських інспекцій з карантину рослин;
визначення порядку завезення і використання насіння, рослин і продукції рослинного походження з-за кордону, їх перевезення на території України та за її межами за погодженням з карантинними службами тих країн, з якими Україна має договори, на підставі конвенції або угоди між державами про співробітництво;
вивчення видового складу, біології та екології карантинних й інших небезпечних шкідників, хвороб рослин і бур'янів, відсутніх на території країни, розроблення прогнозу їх поширення з метою запобігання завезенню туди, де вони можуть призвести до збитків;
видання відповідних наказів, інструкцій, положень, правил та інших нормативних документів з карантину рослин;
ведення обліку і видання інформації щодо поширення карантинних об'єктів;
проведення експертизи підкарантинних матеріалів та об'єктів;
видача карантинних документів на імпорт насіння, рослин і продукції рослинного походження;
внесення подання до Кабінету Міністрів України про запровадження особливого карантинного режиму;
координація спільно з Міністерством сільського господарства і продовольства України, Українською академією аграрних наук науково-дослідних робіт з карантину рослин;
здійснення контролю за додержанням законодавства з карантину рослин, у тому числі під час укладання договорів (контрактів) на завезення з-за кордону продукції рослинного походження;
пропаганда знань з карантину рослин;
державний контроль за проведенням карантинних заходів підприємствами, установами, організаціями та громадянами.