Організаційна структура і штатна чисельність Державної служби з карантину рослин затверджуються Міністерством сільського господарства і продовольства України за поданням Головної державної інспекції з карантину рослин.
Головна державна інспекція з карантину рослин України, прикордонна державна інспекція з карантину рослин Республіки Крим, прикордонні державні обласні, державні обласні та міські інспекції з карантину рослин є юридичними особами, мають самостійний баланс, рахунки в установах банків, печатки із зображенням Державного герба України і своїм найменуванням.