Основними завданнями Державної служби з карантину рослин України є:
охорона території країни від занесення або самостійного проникнення з-за кордону або з карантинної зони карантинних об'єктів;
своєчасне виявлення, локалізація і ліквідація карантинних об'єктів, а також запобігання проникненню їх в регіони країни, де вони відсутні;
здійснення державного контролю за додержанням особливого карантинного режиму і проведенням заходів щодо карантину рослин під час вирощування, заготівлі, вивезення, ввезення, перевезення, зберігання, перероблення, реалізації та використання підкарантинних матеріалів та об'єктів.