Державна служба з карантину рослин України складається із центрального спеціально уповноваженого органу з карантину рослин - Головної державної інспекції з карантину рослин з Центральною науково-дослідною карантинною лабораторією та Центральним фумігаційним загоном Міністерства сільського господарства і продовольства України та інших спеціальних органів у галузі карантину рослин, підпорядкованих Головній державній інспекції з карантину рослин.
Іншими спеціальними органами з карантину рослин є:
прикордонна державна інспекція з карантину рослин Республіки Крим;
прикордонні державні обласні і державні обласні інспекції з карантину рослин;
державні міські інспекції з карантину рослин;
міжрайонні і районні пункти з карантину рослин;
прикордонні пункти з карантину рослин при морських і річкових портах (на пристанях), на залізничних станціях і в аеропортах (на аеродромах), на підприємствах поштового зв'язку, автомобільних дорогах (автовокзалах, автостанціях);
пункти пропуску з карантину рослин на державному кордоні України;
обласні фумігаційні загони, карантинні лабораторії.
У разі необхідності пункти з карантину рослин можуть створюватись і на інших об'єктах, діяльність яких пов'язана із заготівлею, вивезенням, ввезенням, перевезенням і використанням підкарантинних матеріалів та об'єктів.