Фінансування та матеріально-технічне забезпечення органів Державної служби з карантину рослин здійснюється за рахунок коштів державного бюджету, а також позабюджетних коштів.
Фінансування наукового забезпечення карантину рослин здійснюється за рахунок коштів Української академії аграрних наук та Міністерства сільського господарства і продовольства України.
Позабюджетними джерелами фінансування Державної служби з карантину рослин є:
надходження від підприємств, установ, організацій та громадян за інспектування підкарантинних матеріалів та об'єктів, а також інших платних послуг згідно з договорами;
частина коштів від сплати штрафів;
інші джерела, що не заборонені законодавством.