Спільна парламентсько-урядова комісія будує свою роботу у взаємодії з комітетами Верховної Ради України, центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, органами управління спеціальними (вільними) економічними зонами та територіями пріоритетного розвитку із спеціальним режимом інвестиційної діяльності.