Спільна парламентсько-урядова комісія в межах своєї компетенції здійснює діяльність з таких основних напрямів:
контроль за створенням державними органами умов для ефективного використання визначених законодавством режимів проведення господарської діяльності у спеціальних (вільних) економічних зонах та територіях пріоритетного розвитку із спеціальним режимом інвестиційної діяльності;
контроль за діяльністю органів управління спеціальними (вільними) економічними зонами та територіями пріоритетного розвитку із спеціальним режимом інвестиційної діяльності;
інформація Верховної Ради України щодо стану функціонування спеціальних (вільних) економічних зон та територій пріоритетного розвитку із спеціальним режимом інвестиційної діяльності.