Голова спільної парламентсько-урядової комісії обирається Верховною Радою України, перший заступник голови - голова урядової частини спільної парламентсько-урядової комісії визначається Кабінетом Міністрів України.
Заступник голови та секретар спільної парламентсько-урядової комісії обираються на її засіданні з числа членів парламентської частини.