Органами управління територіями пріоритетного розвитку та спеціальною економічною зоною "Порт Крим" є:
Рада з питань територій пріоритетного розвитку та спеціальної економічної зони (далі - Рада);
відповідні органи місцевого самоврядування та місцеві державні адміністрації;
орган господарського розвитку спеціальної економічної зони "Порт Крим".