Організація і фінансування робіт з облаштування митної інфраструктури та огородження території спеціальної економічної зони "Порт Крим" здійснюється органом господарського розвитку спеціальної економічної зони.
Режим спеціальної митної зони на території спеціальної економічної зони "Порт Крим" запроваджується з дня затвердження Державною митною службою України акта приймання-передачі в експлуатацію об'єктів митної інфраструктури.